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#BLOSUM40 amino acid substitution matrix
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#February 20, 1996 14:54
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   A  B  C  D  E  F  G  H  I  K  L  M  N  P  Q  R  S  T  V  W  X  Y  Z  * 
A  5 -1 -2 -1 -1 -3  1 -2 -1 -1 -2 -1 -1 -2  0 -2  1  0  0 -3  0 -2 -1 -6 
B -1  5 -2  6  1 -3 -1  0 -3  0 -3 -3  4 -2  0 -1  0  0 -3 -4 -1 -3  2 -6 
C -2 -2 16 -2 -2 -2 -3 -4 -4 -3 -2 -3 -2 -5 -4 -3 -1 -1 -2 -6 -2 -4 -3 -6 
D -1  6 -2  9  2 -4 -2  0 -4  0 -3 -3  2 -2 -1 -1  0 -1 -3 -5 -1 -3  1 -6 
E -1  1 -2  2  7 -3 -3  0 -4  1 -2 -2 -1  0  2 -1  0 -1 -3 -2 -1 -2  5 -6 
F -3 -3 -2 -4 -3  9 -3 -2  1 -3  2  0 -3 -4 -4 -2 -2 -1  0  1 -1  4 -4 -6 
G  1 -1 -3 -2 -3 -3  8 -2 -4 -2 -4 -2  0 -1 -2 -3  0 -2 -4 -2 -1 -3 -2 -6 
H -2  0 -4  0  0 -2 -2 13 -3 -1 -2  1  1 -2  0  0 -1 -2 -4 -5 -1  2  0 -6 
I -1 -3 -4 -4 -4  1 -4 -3  6 -3  2  1 -2 -2 -3 -3 -2 -1  4 -3 -1  0 -4 -6 
K -1  0 -3  0  1 -3 -2 -1 -3  6 -2 -1  0 -1  1  3  0  0 -2 -2 -1 -1  1 -6 
L -2 -3 -2 -3 -2  2 -4 -2  2 -2  6  3 -3 -4 -2 -2 -3 -1  2 -1 -1  0 -2 -6 
M -1 -3 -3 -3 -2  0 -2  1  1 -1  3  7 -2 -2 -1 -1 -2 -1  1 -2  0  1 -2 -6 
N -1  4 -2  2 -1 -3  0  1 -2  0 -3 -2  8 -2  1  0  1  0 -3 -4 -1 -2  0 -6 
P -2 -2 -5 -2  0 -4 -1 -2 -2 -1 -4 -2 -2 11 -2 -3 -1  0 -3 -4 -2 -3 -1 -6 
Q  0  0 -4 -1  2 -4 -2  0 -3  1 -2 -1  1 -2  8  2  1 -1 -3 -1 -1 -1  4 -6 
R -2 -1 -3 -1 -1 -2 -3  0 -3  3 -2 -1  0 -3  2  9 -1 -2 -2 -2 -1 -1  0 -6 
S  1  0 -1  0  0 -2  0 -1 -2  0 -3 -2  1 -1  1 -1  5  2 -1 -5  0 -2  0 -6 
T  0  0 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1  0 -1 -1  0  0 -1 -2  2  6  1 -4  0 -1 -1 -6 
V  0 -3 -2 -3 -3  0 -4 -4  4 -2  2  1 -3 -3 -3 -2 -1  1  5 -3 -1 -1 -3 -6 
W -3 -4 -6 -5 -2  1 -2 -5 -3 -2 -1 -2 -4 -4 -1 -2 -5 -4 -3 19 -2  3 -2 -6 
X  0 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1  0 -1 -2 -1 -1  0  0 -1 -2 -1 -1 -1 -6 
Y -2 -3 -4 -3 -2  4 -3  2  0 -1  0  1 -2 -3 -1 -1 -2 -1 -1  3 -1  9 -2 -6 
Z -1  2 -3  1  5 -4 -2  0 -4  1 -2 -2  0 -1  4  0  0 -1 -3 -2 -1 -2  5 -6 
* -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6  1